​Valientes protectores de la humanidad se han estado escondiendo entre las sombras desde hace muchísimo tiempo. Hoy en día, sus descendientes continúan luchando para proteger a la humanidad de los demoníacos fantasmas Ayakashi, seres de las tinieblas que siguen apareciendo en nuestro mundo para causar mucho daño.

Los tres guerreros ninja Kouigaiger: Rikimaru, Sasuke y Seira, tienen como objetivo proteger un tesoro ancestral de las garras de los Ayakashi. Por el camino, van enfrentando a muchos de estos oscuros seres.