Con la aparición de monstruos gigantes y violentos conocidos como "Especies de Clase S", el Gobierno japonés formó el SSSP para estudiar y formular cómo derrotarlos. Como las armas convencionales no tienen ningún efecto sobre ellos, el Gobierno japonés emite el Protocolo de Supresión de las Especies de Clase S y forma un equipo especial para llevarlo a cabo.

En medio de la amenaza kaiju, aparece un gigante plateado desde más allá de la atmósfera terrestre. El SSSP se sorprende al obtener un nuevo aliado en su lucha contra los monstruos: un gigante plateado silencioso al que llaman Ultraman.